Istnieją wybrane działalności przemysłowe, które wymagają uzyskania dodatkowych uprawnień, co ma związek z ich wpływem na środowisko naturalne. Dotyczy to przede wszystkim emisji groźnych substancji do wody, powietrza, gleby oraz wytwarzania odpadów niebezpiecznych.
W celu otrzymania poszczególnych z tych pozwoleń wymagane jest przygotowanie specjalnego formularza – operatu, w przypadku pozostałych np. wytwarzania groźnych odpadów – wniosku o uzyskanie pozwolenia. Operat składa się z części opisowej również graficznej. W części opisowej znajduje się przede wszystkim informacja o obrębie w jakim będzie następowało oddziaływanie na wody, powietrze czy grunt np. w przypadku pozwoleń wodno-prawnych trzeba w operacie sformułować obszar w którym budowa będzie korzystała z wód. Przez instalacje można rozumieć cały zakład przemysłowy. Odróżniamy operaty: wodno-prawny oraz operat ochrony powietrza. Instalacje, które wymagają opracowania operatu wodnoprawnego to m.in.: stacje paliw, myjnie samochodowe, oczyszczalnie ścieków, stawy, pomosty. W przypadku instalacji mogących wymagać pozwolenia na emisję gazów do powietrza, ustawodawca opisuje instalacje, które nie wymagają otrzymania takiego uprawnienia, prezentuje w ten sposób limity. Aktywność takiej budowy nie powinna przekroczyć 10% dopuszczalnych poziomów substancji w powietrzu. Wyszczególnione są też przykłady takich instalacji jak instalacje do wytwórczości węgla drzewnego bądź garaże. Po sporządzeniu operatu można ubiegać się o uzyskanie pozwolenia na emisję bądź pozwolenia wodno-prawnego. W przypadku generowania odpadów szkodliwych wymagane jest złożenie wniosku, który będzie zawierał przede wszystkim Program gospodarki odpadami niebezpiecznymi i pozwolenie na użytkowanie rejonu, na którym będzie odbywało się składowanie odpadów oraz ewentualnie inne komponenty w tym potwierdzenie dokonania wpłaty skarbowej. Na bazie wniosku, organ administracyjny może przyznać pozwolenie na wytwarzanie odpadów. W przypadku kiedy działalność przemysłowa bądź aktywność pojedynczej instalacji powoduje oddziaływanie wielowymiarowe na środowisko czyli zarówno na wody jak również na powietrze i glebę, wówczas wymagane jest uzyskanie pozwolenia zintegrowanego.